满清末年社会空前黑暗，专制统治进一步加剧，而鼓吹以国粹激励种性，进行种族革命，并有着深衣（汉服）入殓的家族传统的章太炎称自己：“太炎遗老者，二百五十年之彭铿也，身为皇汉之逸民”。认为自己是大明王朝的遗民！并于西元1902年在日本，于崇祯殉国的农历三月十九日那天举办“支那亡国二百四十二年纪念会”。

纪念会前当日本警察问章太炎你是清国哪省人？章太炎回答说：“余等皆支那人，非清国人，是大明王朝的遗民”。日本人惊讶不已。而在章太炎即将往生的前一段时间，章太炎彻夜不停的看明史。很明显现章太炎先生是一个正直的“明粉”一生光明磊落，坦坦荡荡。

虽然一生想重修《明史》《明通鉴》作后明史，但是事与愿为，且经过满清的文字狱后难度很大，生前曾说：“东南大学中友人有发愿修《明史》者，仆谓此事甚难。因明人遗著十不存一也"。无比的感叹，后人如柳亚子,钱海岳等想修明史，也是历尽艰难，终也只有钱海岳完成了可以纳入“信史”的“南明史，将弘光，隆武，永历纳入本纪，由中华书局出版。

章太炎生前十分反感，满清官修《明史》没有把“弘光，隆武，永历”三位皇帝纳入本纪之中，夹杂在宗室诸王中，并说乾隆时期修过明史已经不逮明通鉴。

章太炎先生这么说是很有道理的，因为他自己给出解释，为什么要把这三位列入本纪是这样说的；“明末三帝，不列与纪，而其臣史可法，何腾蛟，瞿式耜，及三朝将相四十余人，皆有列传，此其所事何主？所立者谁之朝邪？去本干而存枝叶，首尾横决，遂至与此，于义为不通矣！

说到底还是黑暗的满清干的太过分了，在《清史稿》太祖本纪中居然这样写道：“太祖天锡智勇，神武绝伦。蒙难艰贞，明夷用晦”。实在是太过分了，一点都不坦荡，相比是十分小肚鸡肠。

南明政权的合法性一直都在，相比满清在当时那个环境是很不正统的僭越作乱。